Las y los primeros habitantes eran originarios de Sija, alrededor de los años 500 y600. Comenzaron a buscar un lugar en donde asentarse y hacer sus viviendas. Cuando llegaron a Jumarkaj, estaban ya muy cansados de tanto caminar y decidieron descansar allí. Algunos encontraron un lugar muy plano, por lo que se quedaron allí. Este lugar actualmente es llamado Chrijk.aq y se localiza cerca del municipio de Salcajá. Sin embargo, no estuvieron allí por mucho tiempo porque fueron desalojados por Ignacio Urbina, un extranjero que vivía en el municipio de Cantel. Dejaron estas tierras en busca de un nuevo hogar, que encontraron en el lugar denominado actualmente Chi.pila. Tampoco estuvieron en este lugar por mucho tiempo, ya que el clima que imperaba en el lugar era muy frío y no se  podían hacer siembras; además, les asustaba la invasión de los españoles a su territorio, por lo cual dejaron partieron nuevamente y viajaron hasta llegar al lugar que actualmente es llamado Chwipala. En él estuvieron únicamente algunos años y se trasladaron al lugar en donde actualmente se localiza la iglesia de la antigua cabecera municipal de Ixtahuacán. Cuenta la historia que, al llegar a ese sitio, sembraron una mata de cañaveral para ver si retoñaba o no, porque les habían dicho que si el cañaveral retoñaba, debían fundar el pueblo en ese lugar, y si no era así, debían buscar otro lugar para fundarlo. Al ver que el cañaveral crecía y retoñaba, iniciaron la fundación del Pueblo de Santa Catarina Ixtahuacán en este lugar. Al pueblo le pusieron el nombre de Santa Catarina Ixtahuacán en honor a la Virgen Santa Catalina de Alejandría, Patrona del pueblo.

Esto sucedió alrededor del año 1600. Etimológicamente, Ixtahuacán, quiere decir: Ixtl o Ixtla: vista; hua: paraje y can: Planicie, llanura para cultivar. Tomando en cuenta el nombre del municipio y algunos documentos históricos, SIJA RAXK.IM, es la etimología más aceptada ya que proviene de los siguientes términos en el idioma k.iche: Si´j: Flor; ja.: agua; rax: verde y k.im: pajonal, lo que da origen a Flor de agua y pajonales verdes .Florentino Pedro Ajpacajá Tum, lingüista e investigador k.iche de Santa Catarina Ixtahuacán, ha adoptado el nombre de Sija Xankata.l; Sija, tal como aparece en los documentos históricos y Xankata.l en honor a la Patrona del pueblo, Santa Catalina de Alejandría.

El traslado del pueblo Como efectos del huracán Mitch, el día 2 de noviembre de 1998 empezaron a caer fuertes lluvias y a producirse derrumbes en la carretera de terracería de Santa Catarina Ixtahuacán y en otros lados. Muchas casas empezaron a agrietarse y a derrumbarse. Durante 3 días consecutivos el pueblo quedó totalmente incomunicado, sin luz y sin ninguna vía de acceso, hasta que la Coordinadora Nacional para la Reducción de Desastres (CONRED) se hizo presente para evaluar la situación y el peligro que en ese momento vivían las y los habitantes de la cabecera municipal. En consecuencia, la gente y las autoridades municipales empezaron a preocuparse, puesto que en varios lugares de Guatemala sucedía lo mismo. Con el desastre en Ixtahuacán, la gente se reunió y se organizó por barrios para ver qué decisiones se iban a tomar, pues el huracán agravó las grietas en edificios públicos y privados, así como en muchas viviendas.

El día 13 de noviembre del mismo año, llegó el ingeniero geólogo Manuel Antonio Motha Echeverría del Instituto de Sismología, Vulcanología, Meteorología e Hidrología -INSIVUMEH-. Esta institución asumió la responsabilidad de realizar el análisis para determinar si en realidad la población corría riesgos de hundimiento. Como resultado de la evaluación, se determinó que el pueblo se localizaba sobre fallas geológicas, por lo que, en ese momento, se declaró lugar de alto riesgo. La mayoría de la gente decidió buscar otro lugar más seguro a donde trasladar su vivienda y su familia. Las autoridades municipales, por Acuerdo Municipal, declararon la cabecera municipal zona de alto riesgo. Después de visitar y evaluar algunos terrenos, la gente escogió el lugar llamado Chwipatan o Cumbre de Alaska, puesto que, histórica y legalmente, este terreno le pertenece al antiguo pueblo de Santa Catarina Ixtahuacán. Sin embargo, esto creó problemas con las y los pobladores del vecino municipio de Nahualá, ya que ellos han sido poseedores de los terrenos.

. Las dos municipalidades tuvieron que establecer ciertos acuerdos, de los cuales sólo se ha cumplido el 60%. Como resultado de las negociaciones entre Nahualá e Ixtahuacán, se estableció que Nahualá concedería inicialmente 1.3 caballerías, de un total de 4.5 caballerías de lo acordado. Esto sucedió el día 6 de julio de 1,999. A partir de esta fecha dieron inicio los trabajos de diseño y trazo urbanístico. El día 30 de julio del mismo año, estaba destinado para elaborar un inventario de los posesionarios de los terrenos. La actividad no se llevó a cabo debido a que hubo enfrentamientos con las personas de Nahualá. Después de un largo proceso, en un cabildo abierto en el mes de diciembre del año 1999, las autoridades municipales informaron que el traslado hacia Chwipatan lo efectuarían el 11 de enero del año 2002. En la víspera del día 11, la gente realizó la última procesión con la Patrona del Pueblo, la Virgen de Santa Catalina de Alejandría, lo cual fue motivo de tristeza al dejar la tierra que los vio nacer, pero también motivo de alegría al saber que tendrían un lugar más seguro para sus hijos. La procesión recorrió las principales calles de la antigua cabecera. Algo muy importante que no esperaba la gente, era ver a su Patrona recorriendo las calles esa noche. ya que desde la llegada de la imagen al pueblo de Santa Catarina Ixtahuacán y durante casi 350 años estuvo sin ser movida de su ubicación (ni en la feria titular era permitido moverla). Así, el 11 de enero, las y los pobladores de Santa Catarina Ixtahuacán dieron inicio al traslado de la comunidad. Fiesta de Santa Catarina Ixtahuacán La fiesta titular de Santa Catarina es el 25 de noviembre. Desde la llegada de los españoles, cada 16 de noviembre se inicia la novena a la Virgen de Santa Catalina de Alejandría (que termina el día 24). La feria comienza formalmente el día 21 de noviembre, inaugurada el alcalde municipal. Los días 22 y 23, en las primeras horas de la mañana, inicia el concierto de marimba frente a la municipalidad. Se presentan diferentes clases de bailes, entre ellos el baile del torito, el baile de disfraces y otros más. El 24 de noviembre, continúa el concierto de marimbas y bailes. Por la noche se realiza la quema del castillo frente la Iglesia. Seguidamente, la procesión de la Virgen recorre las principales calles de Ixtahuacán. El 25 de noviembre llegan muchas personas a visitar a la Virgen para encender sus candelas y el 26 es el último día. A la feria llegan muchos/as comerciantes de varias partes para vender sus productos. Otras festividades importantes que se celebran en la comunidad son: > Día de la Santa Cruz (mes de mayo) > Día de Corpus Christi (mes de mayo) > Día de Transfiguración (mes de agosto) > La fiesta de San Miguel (mes de septiembre) > Día de la Inmaculada Concepción (mes de diciembre) Estas fiestas son de gran importancia para la comunidad. La gente en estos días prepara comida especial: carne, tamalitos, etc. El día de mercado es el domingo.